Cụ thể, chất vấn Bộ trưởng Bộ Tài Chính Hồ Đức Phớc về vấn đề chống thất thu thuế trong chuyển nhượng bất động sản, Đại biểu Quốc hội Phan Thái Bình (Đoàn ĐBQH tỉnh Quảng Nam) đặt vấn đề: Trong các công văn hướng dẫn của Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế về chống thất thu thuế chuyển nhượng bất động sản, các văn bản hướng dẫn không rõ ràng dẫn đến các địa phương mỗi nơi áp dụng một kiểu, có tình trạng trả hồ sơ đi trả hồ sơ lại nhiều lần và yêu cầu công dân, doanh nghiệp kê khai thuế nhiều lần. 

Phản hồi về ý kiến này, Bộ trưởng Tài chính khẳng định: “Tôi không hiểu hướng dẫn không rõ ràng hay hiểu không rõ ràng. Tôi nghĩ là hiểu không rõ ràng chứ không phải do hướng dẫn không rõ ràng".

Theo ông Phớc, Nghị định 12, Nghị định 65 và Thông tư 92 của Bộ Tài chính nói rất rõ: trong trường hợp hợp đồng không ghi giá hoặc ghi giá thấp hơn bảng giá đất của Nhà nước quy định thì thu theo bảng giá đất. "Việc hai bên chuyển nhượng cho nhau phải ghi đúng giá chuyển nhượng, nếu anh không ghi đúng giá chuyển nhượng thì có nghĩa anh trốn thuế, khi điều tra ra thì anh vi phạm luật thuế”.

Còn về vấn đề mà đại biểu nêu ra là bảng giá đất do UBND cấp tỉnh quy định thấp hơn nhiều lần so với giá thị trường nên đề nghị áp giá thị trường, hệ lụy là khi tính thuế thì áp giá thị trường cao hơn giá Nhà nước còn khi đền bù giải phóng mặt bằng thì lại áp giá Nhà nước sinh ra bất bình đẳng; Bộ trưởng Bộ Tài Chính Hồ Đức Phớc thẳng thắn: “Hoàn toàn không đúng”.

Theo Bộ trưởng, việc chuyển nhượng bất động sản và nhà cửa là chuyển nhượng đất ở; nên nói đến thuế chuyển nhượng là nói đến thuế với đất ở. Mà giá đất gắn liền với mục đích sử dụng đất: giá đất nông nghiệp khác, giá đất ở khác, giá đất sản xuất kinh doanh khác. 

“Quy định đã ghi rất rõ nếu doanh nghiệp lấy đất thì giá đền bù theo giá thỏa thuận. Còn trường hợp cơ quan Nhà nước lấy đất thì đền bù theo giá của Nhà nước, nhưng giá này có hệ số điều chỉnh, hệ số này do Ủy ban Nhân dân tỉnh quyết định cao hay thấp dựa trên nguyên tắc chung là phải sát giá thị trường. Cho nên kể cả khi thu hồi đất và đền bù hay nộp thuế và chuyển nhượng quyền sử dụng đất đều phải thực hiện theo đúng mức giá căn cứ trên mục đích sử dụng đất”, Bộ trưởng Phớc khẳng định.

“Nhiều khi chúng ta cứ nói tại sao đền bù đất cho dân giá thấp như thế nhưng thu thuế bảng giá cao như thế, vì đền bù cho dân là đền bù đất nông nghiệp và Nhà nước giao cho dân là đất nông nghiệp nhưng khi thu hồi để chuyển qua mục đích khác thì phải tính giá đất theo mục đích khác, và trong quá trình doanh nghiệp đầu tư vào đất bán ra thì đương nhiên phải có lãi”, Bộ trưởng nói thêm.