Mức dư nợ (bao gồm vay lại từ nguồn Chính phủ vay nước ngoài về cho vay lại và khoản vay trong nước khác theo quy định của pháp luật) của ngân sách thành phố không vượt quá 40% số thu ngân sách địa phương được hưởng theo phân cấp và nằm trong mức bội chi ngân sách nhà nước hàng năm được Quốc hội quyết định. 
Chính phủ ưu tiên hỗ trợ một phần vốn từ ngân sách Trung ương cho ngân sách thành phố để tham gia thực hiện các dự án mang tính chất liên vùng trên địa bàn thành phố theo hình thức hợp tác công-tư (PPP). 
Chính phủ ưu tiên bố trí đủ vốn bổ sung có mục tiêu cho ngân sách thành phố để thực hiện các dự án phát triển kinh tế-xã hội của thành phố và các dự án mang tính chất cấp vùng của vùng Đồng bằng sông Cửu Long. 
Thành phố sử dụng vốn huy động đầu tư, vốn ngân sách Trung ương hỗ trợ, vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) và vốn ưu đãi của các nhà tài trợ để ưu tiên đầu tư các dự án, công trình. 
Chính phủ ưu tiên hỗ trợ vốn ODA cho thành phố để thực hiện những dự án đầu tư hạ tầng quan trọng thuộc nhiệm vụ chi của ngân sách thành phố do Ủy ban Nhân dân thành phố là cơ quan chủ quản. Việc bố trí vốn đối ứng trong nước cho các dự án này do ngân sách thành phố bảo đảm.
Chính phủ ưu tiên bố trí vốn vay ưu đãi theo phương thức cho địa phương vay lại để thực hiện các dự án PPP trên địa bàn thành phố. 
Ủy ban Nhân dân thành phố được phê duyệt danh mục dự án, quyết định tiếp nhận các khoản viện trợ (ODA, phi Chính phủ nước ngoài) không hoàn lại đối với các chương trình, dự án không phụ thuộc vào quy mô viện trợ, trừ các khoản viện trợ hỗ trợ kỹ thuật liên quan đến thể chế, tôn giáo, chính sách pháp luật, cải cách hành chính, quốc phòng, an ninh do Thủ tướng Chính phủ quyết định.
Chủ tịch Ủy ban Nhân dân thành phố chịu trách nhiệm thực hiện tiếp nhận, quản lý, sử dụng có hiệu quả các khoản viện trợ này, thực hiện chế độ hạch toán, kế toán, quyết toán theo đúng quy định của pháp luật; hàng năm, báo cáo Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư để theo dõi, giám sát và tổng hợp báo cáo Thủ tướng Chính phủ. 
Về ngân sách, hàng năm, ngân sách Trung ương bổ sung có mục tiêu cho thành phố không quá 70% số tăng thu ngân sách Trung ương từ các khoản thu phân chia giữa ngân sách Trung ương và ngân sách thành phố so với dự toán Thủ tướng Chính phủ giao (phần còn lại sau khi thực hiện thưởng vượt thu theo quy định của Luật ngân sách nhà nước) và các khoản thu ngân sách Trung ương hưởng 100% quy định tại các điểm b, c, d, g, h, i, q khoản 1 Điều 35 Luật Ngân sách nhà nước tăng thu so với dự toán Thủ tướng Chính phủ giao (không kể khoản thu không giao thành phố quản lý thu, không phát sinh trên địa bàn thành phố mà chỉ hạch toán nộp ở thành phố; các khoản thu đã được cấp có thẩm quyền cho phép sử dụng; các khoản hạch toán ghi thu, ghi chi và các khoản thu được để lại đơn vị chi quản lý qua ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật); số bổ sung có mục tiêu không cao hơn số tăng thu ngân sách Trung ương trên địa bàn so với thực hiện thu năm trước.
Việc xác định số bổ sung có mục tiêu trên cơ sở tổng các khoản thu, không tính riêng từng khoản thu. Căn cứ tổng số vượt thu ngân sách Trung ương và cân đối chung, Chính phủ báo cáo Ủy ban Thường vụ Quốc hội xem xét quyết định mức bổ sung có mục tiêu cho thành phố theo quy định của Luật ngân sách nhà nước và cơ chế đặc thù của thành phố. 
Số bổ sung có mục tiêu từ nguồn tăng thu nêu trên, thành phố sử dụng ưu tiên thanh toán nợ đọng xây dựng cơ bản; đầu tư các công trình kết cấu hạ tầng; đầu tư Khu công nghệ cao thành phố; bố trí vốn đối ứng cho các dự án ODA; chi trả nợ các khoản vốn vay; thực hiện các nhiệm vụ quan trọng nhằm phát triển kinh tế-xã hội, bảo đảm quốc phòng, an ninh, trật tự, an toàn xã hội của thành phố và thưởng cho ngân sách cấp dưới. Ủy ban Nhân dân thành phố báo cáo Hội đồng nhân dân thành phố quyết định mức vốn cụ thể cho từng mục tiêu, nhiệm vụ và thưởng cho ngân sách cấp dưới. 
Năm đầu thời kỳ ổn định ngân sách mới, Chính phủ giao Bộ Tài chính chủ trì phối hợp với các bộ, ngành liên quan đề xuất trình cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định tỷ lệ điều tiết cho ngân sách thành phố để đảm bảo nguồn lực thực hiện các mục tiêu phát triển kinh tế-xã hội của thành phố và các dự án mang tính chất khu vực Đồng bằng sông Cửu Long. 
Nghị định cũng quy định cơ chế đặc thù đối với thành phố Cần Thơ về hỗ trợ lãi suất; bán nhà ở xã hội; quỹ dự trữ tài chính, thẩm quyền chấp thuận đầu tư đối với các dự án đầu tư khu đô thị mới.