Cụ thể, theo văn bản ngày 30/10, ngành Hải quan đã có công văn 2668a/GSHQ-GQ4 về áp dụng thuế xuất nhập khẩu ưu đãi đặc biệt với hàng hóa nhập khẩu tại chỗ. Dựa theo văn bản này, cơ quan chức năng đã thông báo tới Vinamilk việc sẽ tiến hành ấn định thuế với các tờ khai xuất khẩu tại chỗ có C/O mẫu D của công ty phát sinh từ tháng 9/2016 tới nay với số tiền thuế dự kiến ấn định là 62,8 tỷ đồng, chưa tính chậm nộp thuế. 

Theo văn bản của Vinamilk, các mặt hàng nhập khẩu bị ấn định thuế là đường tinh luyện (16.000 tấn) mà đơn vị này được quyền sử dụng hạn ngạch thuế quan nhập khẩu sau khi đã trúng thầu trong phiên đấu giá ngày 7/9/2016 của Bộ Công Thương tổ chức. Thực hiện quyền trên, Vinamilk đã nhập khẩu đường tinh luyện từ Công ty cổ phần Đường Biên Hòa và khẳng định đã đáp ứng đủ điều kiện theo quy định để được áp dụng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt là 5%. Phía Vinamilk đã kê khai nộp thuế, phí đầy đủ cho 23% giá trị tiền hàng từ 1/9/2016 tới nay. 

Dẫn các quy định của Bộ Tài chính, đại diện Vinamilk khẳng định, điều kiện để đường tinh luyện hưởng mức thuế nhập khẩu 5% không thay đổi từ năm 2012 tới nay nhưng cơ quan quản lý lại đưa ra các hướng dẫn thiếu nhất quán. Điều này theo đại diện Vinamilk là đã gây khó khăn cho doanh nghiệp và tạo sự bất an với cộng đồng.

Đại điện Vinamilk khẳng định, yêu cầu trên vô hình trung cũng đã trái tinh thần chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ là giảm bớt thủ tục, chi phí cho doanh nghiệp và các cơ quan nhà nước. Trong văn bản gửi tới Thủ tướng Chính phủ, Bộ tài chính, Tổng Cục trưởng Tổng Cục hải quan vào ngày 1/12/2017, Vinamilk khiến nghị thu hồi Công văn và đình chỉ việc thực hiện theo nội dung Công văn 2668a/GSQL-GQ4 ngày 30/10/2017 của Cục Giám sát quản lý về Hải quan – Tổng cục Hải quan. Cần tiếp tục cho doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế suất đặc biệt 5% đố với mặt hàng đường tinh luyện xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ theo hạn ngạch căn cứ vào C/O mẫu D hợp lệ đã được cơ quan có thẩm quyền cấp./.