Cụ thể tại Khoản 1 Điều 3, Luật số 71/2014/QH13, phân bón, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ cho sản xuất nông nghiệp… là mặt hàng không chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT), có nghĩa là DN sản xuất phân bón không được khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa mua từ khâu sản xuất, thương mại bán ra. Ước tính từ khi thực hiện Luật 71 thì giá thành phân đạm tăng trên 7% phân DAP tăng gần 8%, phân supe lân tăng khoảng gần 7%; phân NPK và hữu cơ tăng từ 5,2-6,1%... 

Tăng chi phí sản xuất sẽ giảm sức cạnh tranh với phân bón nhập khẩu, người nông dân sẽ phải mua phân bón với giá cao hơn do phải chịu cộng thuế giá trị gia tăng đầu vào. Đồng thời, vô hình chung tạo điêu kiện cho  doanh nghiệp nhâp khẩu; tăng sức ép đối với các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước, dẫn đén khả năng nhiều doanh nghiệp phân bón trong nước hoạt động cầm chừng hoặc ngừng sản xuất, đây là thiệt thòi lớn cho ngành công nghiệp trong nước, ảnh hưởng đén an ninh lương thực quốc gia và lãng phí nguồn lực xã hội. 

Trước tính hình đó, Bộ Công Thương cho rằng: Phân bón không thuộc đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng đã gây nhiều ảnh hưởng đến các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước.

Theo Bộ Công Thương, việc quy định phân bón không thuộc đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng không những không tạo điều kiện cho người nông dân được hưởng giá phân bón thấp mà vô hình chung đã tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp nhập khẩu, tăng sức ép đối với các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước, dẫn tới khả năng nhiều doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước phải hoạt động cầm chừng hoặc ngừng sản xuất. Đây là thiệt thòi lớn cho ngành công nghiệp trong nước, ảnh hưởng đến an ninh lượng thực quốc gia và lãnh phí nguồn lực xã hội.

Do đó, theo quan điểm của Bộ Công Thương, việc sửa đổi, điều chỉnh quy định theo hướng đưa phân bón là mặt hàng chịu thuế giá trị gia tăng để tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp là cần thiết, nhất là trong thời điểm doanh nghiệp đang chịu khó khăn kéo dài do tác động của một số chính sách và tác động của dịch COVID-19 thì việc điều chỉnh là phù hợp với ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại cuộc họp Thường trực Chính phủ ngày 27/2/2020 về phòng, chống COVID-19, phù hợp với quy định chung về thuế giá trị gia tăng đối với sản xuất phân bón của nhiều quốc gia trên thế giới.

Trên cơ sở đó, để tháo gỡ khó khăn và tạo điều kiện cho ngành sản xuất phân bón trong nước duy trì và phát triển ổn định, bền vững, tạo sự công bằng giữa các doanh nghiệp sản xuất và nhập khẩu, Bộ Công Thương đề nghị Bộ Tài chính đưa phân bón là mặt hàng chịu thuế giá trị gia tăng từ 0-5% và báo cáo Chính phủ trình Quốc hội xem xét và phê chuẩn.