Theo các chuyên gia, một trong những khó khăn lớn cho doanh nghiệp trong tiến trình chuyển đổi xanh là chi phí đầu tư tương đối lớn, khiến nhiều đơn vị ngần ngại đầu tư đổi mới dây chuyền công nghệ cũng như đầu tư đổi mới trong dài hạn để đảm bảo tiêu chuẩn về phát thải khí nhà kính hoặc các tiêu chuẩn về bảo vệ môi trường.