Bộ Tài chính cho biết ngày 26/11/2024, Quốc hội đã thông qua Luật Thuế GTGT số 48, có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1/7/2025. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, Chính phủ và Bộ Tài chính đã nhận được kiến nghị của Bộ Nông nghiệp và Môi trường và các Hiệp hội ngành hàng, doanh nghiệp phản ánh vướng mắc về chính sách thuế GTGT, nhất là đối với lĩnh vực nông nghiệp, thức ăn chăn nuôi, điều kiện hoàn thuế.

Cụ thể, hiện nay doanh nghiệp đang phải trả thuế GTGT 5% đầu vào đối với sản phẩm nông nghiệp mua ở khâu thương mại, sau đó lại làm thủ tục hoàn thuế khi xuất khẩu các mặt hàng như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê… gây lãng phí thời gian, đọng vốn, trong khi các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này vào vốn lưu động. Điều này tạo áp lực tài chính và làm giảm hiệu quả kinh doanh.

Ước tính riêng trong 6 tháng cuối năm nay, số thuế GTGT 5% mà doanh nghiệp phải nộp lên tới 5.000 tỷ đồng đối với ngành cà phê - ca cao, 2.016 tỷ đồng đối với ngành lương thực và 2.162 tỷ đồng đối với ngành hồ tiêu và gia vị. Việc thu trước hoàn sau này khiến doanh nghiệp gặp khó khi phải ứng vốn trước để nộp thuế.

Không chỉ vậy, quy định hiện hành cũng vô tình tạo sự "phân biệt đối xử" giữa nông sản, thuỷ sản sản xuất trong nước và nhập khẩu do nông sản, thuỷ sản nhập khẩu không chịu thuế GTGT khi vào Việt Nam.

Đối với lĩnh vực thức ăn chăn nuôi, do thuộc đối tượng không chịu thuế, doanh nghiệp không được khấu trừ hay hoàn thuế GTGT đầu vào, dẫn đến chi phí sản xuất tăng, đẩy giá thành lên cao, ảnh hưởng trực tiếp đến người chăn nuôi và lép vế trước thức ăn chăn nuôi nhập khẩu không phải chịu thuế GTGT.

Ngoài ra, quy định hiện hành yêu cầu người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế, khiến doanh nghiệp xuất khẩu bị chậm hoàn thuế do phải chờ xác minh từ người bán. Trong khi đó, doanh nghiệp không có công cụ pháp lý hoặc kỹ thuật để kiểm tra nghĩa vụ thuế của bên bán, gây rủi ro và tạo thêm gánh nặng thủ tục. Nhiều ý kiến cho rằng quy định này chưa phù hợp, bởi người mua và người bán là các chủ thể độc lập và phải chịu trách nhiệm riêng biệt.

Đề xuất giải pháp gỡ vướng, hỗ trợ doanh nghiệp

Bộ Tài chính cho biết qua nghiên cứu các kiến nghị, cơ quan này nhận thấy đây là vấn đề cấp bách, vướng mắc, bất cập của Luật Thuế GTGT, cần phải kịp thời sửa đổi, bổ sung. Đặc biệt, trong bối cảnh mưa bão, lũ lụt tiếp tục gây ảnh hưởng nặng nề đến nhiều lĩnh vực kinh tế, nhất là nông nghiệp và chăn nuôi, việc điều chỉnh chính sách càng trở nên cấp thiết nhằm hỗ trợ khắc phục hậu quả và thúc đẩy khôi phục hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Ngày 26/11 vừa qua, Bộ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Văn Thắng đã thay mặt Chính phủ, thừa uỷ quyền Thủ tướng Chính phủ ký Tờ trình số 1090 báo cáo Quốc hội, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội về dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT.

Tại dự thảo Luật, Bộ Tài chính đề xuất đưa lại quy định không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thuỷ sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường mua bán ở khâu thương mại.

Quy định này sẽ giúp doanh nghiệp không phải trả thuế GTGT 5% đầu vào đối với hàng hoá là các sản phẩm nông nghiệp mua bán ở khâu thương mại, khắc phục tình trạng thu - hoàn thuế chồng chéo, đồng thời giúp giảm áp lực tài chính và tăng hiệu quả kinh doanh cho doanh nghiệp.

Cùng với đó, dự thảo Luật đã sửa đổi quy định về chính sách thuế GTGT áp dụng đối với sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thuỷ sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi để thực hiện theo quy định của pháp luật về thức ăn chăn nuôi.

Như vậy, cơ sở sản xuất kinh doanh thức ăn chăn nuôi không phải trả thuế GTGT 5% trên, từ đó giúp giảm chi phí sản xuất, tăng khả năng cạnh tranh với sản phẩm thức ăn chăn nuôi nhập khẩu.

Dự thảo cũng đề xuất bỏ quy định yêu cầu người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế. Việc này sẽ rút ngắn thời gian hoàn thuế, tạo thuận lợi hơn cho doanh nghiệp xuất khẩu mà không phải chờ xác minh từ phía người bán.