Hiện doanh nghiệp không được kê khai, khấu trừ các chi phí VAT đã bỏ ra trong quá trình sản xuất (VAT đầu vào), gồm đầu tư, mua sắm tài sản cố định, do phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế này. Chi phí này sau đó tính vào giá thành sản xuất, khiến giá bán tăng và lợi nhuận giảm.

Thống kê của Bộ Tài chính cho thấy, số thuế giá trị gia tăng không được khấu trừ tính vào chi phí của doanh nghiệp phân bón theo Luật Thuế 71 từ năm 2015 đến hết năm 2023 đã lên tới gần 10.000 tỷ đồng.

Số liệu từ Tổng Công ty Phân bón và Hóa chất Dầu khí (PVFCCo), chỉ riêng khoản thuế giá trị gia tăng đầu vào từ năm 2016-2020 của doanh nghiệp là 1.857 tỷ đồng và phải hạch toán vào chi phí dẫn đến khoản lợi nhuận trước thuế hàng năm sẽ giảm tương ứng.

Tương tự, việc không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khiến Công ty cổ phần Supe phốt phát và Hóa chất Lâm Thao bị thiệt hại trung bình khoảng 100 tỷ đồng/năm. Điều này làm cho giá thành sản phẩm tăng lên từ 6 đến 7% và doanh nghiệp bắt buộc phải tính vào giá bán; ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất của nông dân.

Theo thống kê của Bộ Công Thương, khi thực hiện Luật 71 có hiệu lực từ năm 2015, giá thành phân đạm tăng từ 7,2 đến 7,6%; phân DAP tăng từ 7,3 đến 7,8%; phân supe lân tăng từ 6,5 đến 6,8%; phân NPK và hữu cơ tăng từ 5,2 đến 6,1%.

"Điều này gây bất lợi khi cạnh tranh với phân bón nhập khẩu", Bộ Tài chính nêu.

Trong khi đó, Nhà nước mất nguồn thu ngân sách do không thu được thuế VAT ở khâu nhập khẩu trong khi thuế nhập khẩu vốn rất thấp hoặc đã về 0%. Còn nông dân phải mua giá cao do các nhà sản xuất trong nước đẩy một phần chi phí thuế vào giá thành.

Bộ này cho biết, các doanh nghiệp phân bón, Bộ Công Thương, Hiệp hội phân bón và đại biểu Quốc hội tại nhiều tỉnh, thành cũng phản ánh khó khăn trên và đề nghị chuyển mặt hàng này sang đối tượng chịu thuế VAT 5%.

Nếu đề xuất tại dự thảo lần này được thông qua, người tiêu dùng mua phân bón sẽ chịu thêm khoản thuế VAT 5%. Tuy nhiên, Bộ Tài chính cho rằng, giá bán của các mặt hàng này được định giá theo cung - cầu thị trường, việc tính thuế ngược lại có thể giúp người tiêu dùng hưởng lợi.

Bộ phân tích, hàng hóa, dịch vụ mua vào không chịu thuế hoặc thuế suất 5-10%, nếu tính VAT đầu ra là 5% thì doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước không phải nộp thuế này. Tức là, số thuế đầu vào được khấu trừ với đầu ra, hoặc hoàn thuế. Do đó, giá thành sản xuất phân bón được giảm xuống, hàng hóa sản xuất trong nước có thêm điều kiện cạnh tranh với hàng hóa nhập khẩu, theo Bộ Tài chính.

Cơ quan soạn thảo cũng cho rằng do được khấu trừ VAT, doanh nghiệp tiết kiệm chi phí, có thêm nguồn lực mở rộng đầu tư, đổi mới công nghệ, nâng cao chất lượng và hạ giá bán. Theo đó, người tiêu dùng chọn hàng hóa trong nước sẽ hưởng lợi từ chính sách này.

Trao đổi với phóng viên bên lề Hội thảo Vai trò của chính sách thuế trong sự phát triển của thị trường vật tư nông nghiệp Việt Nam tổ chức ngày 7/12/2023, ông Phùng Hà, Phó Chủ tịch kiêm Tổng thư ký Hiệp hội Phân bón Việt Nam cho rằng, mục tiêu lâu dài và mang tính chiến lược để tháo gỡ khó khăn cho ngành phân bón, cũng như hài hòa lợi ích với người nông dân là Nhà nước sớm sửa đổi quy định của Luật Thuế 71/2014/QH13. Đưa phân bón vào đối tượng chịu thuế GTGT nhằm tạo ra một môi trường cạnh tranh bình đẳng, sòng phẳng giữa các nhà sản xuất trong nước với phân bón nhập khẩu. Từ đó, mang lại lợi ích thiết thực cho ngành nông nghiệp, cho người nông dân.