Báo cáo tiền khả thi dự án tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam đã tính đến việc kết nối với các tuyến đường sắt hiện hữu và quy hoạch cũng như mạng lưới đường sắt đô thị tại Hà Nội và TPHCM. Phương án kết nối các cảng hàng không, cảng biển lớn, các khu kinh tế quan trọng và kết nối với mạng đường sắt quốc tế cũng đã được Bộ GTVT đề cập trong báo cáo này.