Bên cạnh đó, kết quả kiểm toán việc xác định giá đất của một số dự án sử dụng đất gồm Khu đô thị Đại An tại huyện Văn Giang và Khu đô thị sinh thái Dream City huyện Văn Lâm (Hưng Yên) cho thấy chưa có quy định về việc điều chỉnh nghĩa vụ tài chính của nhà đầu tư với NSNN khi có sự thay đổi của các yếu tố ước tính tổng doanh thu phát triển.

Thông tư số 36/2014/TT-BTNMT hướng dẫn sử dụng tối thiểu ba tài sản so sánh đưa vào hiệu chỉnh để hình thành đơn giá của tài sản định giá, tuy nhiên trên thực tế khi thay thế một tài sản so sánh này bằng một tài sản so sánh khác có thể làm thay đổi (tăng hoặc giảm) đơn giá của tài sản định giá nên rủi ro nhiều trong việc xác định giá đất. Ngoài ra, những yếu tố tác động tới doanh thu phát triển và những yếu tố tác động tới chi phí phát triển đều do đơn vị tư vấn ước tính.

Theo thông tin từ Cục Thuế Hưng Yên, hai dự án nói trên đóng góp lớn vào ngân sách của địa phương trong 8 tháng đầu năm với khoảng 34.867 tỷ đồng, tương đương 80% tổng số tiền sử dụng đất địa phương thu được.

Báo cáo của KTNN cũng cho thấy công tác quản lý nhà nước về đất đai giai đoạn 2017-2021 của tỉnh Bắc Ninh, Cà Mau, Lào Cai còn phát sinh một số vấn đề như cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất chưa đúng thẩm quyền; lập, thẩm định, trình phê duyệt Kế hoạch sử dụng đất hàng năm cấp huyện chậm; phê duyệt bổ sung các dự án thu hồi đất khi chưa được hội đồng nhân dân tỉnh thông qua; chưa công bố công khai quy hoạch, kế hoạch sử dụng đất cấp huyện trên cổng thông tin điện tử…; lập, thẩm định, phê duyệt giá đất chậm, hồ sơ không đầy đủ;...

Tại Lào Cai phát sinh trường hợp xác định giá đất để đấu giá thuê đất trả tiền một lần không phù hợp; làm nhà, xây dựng kiến trúc trên đất nông nghiệp hoặc không phải đất ở;..

Một số dự án ở Cà Mau được giao đất, cho thuê đất nhiều năm nhưng chưa phê duyệt giá đất cụ thể để tính tiền sử dụng đất, tiền thuê đất; hết thời hạn thuê đất nhưng chưa làm thủ tục gia hạn; đồ án quy hoạch chi tiết 1/500 chưa tuân thủ theo quy hoạch phân khu 1/2000; chậm công bố công khai đồ án quy hoạch, quy hoạch điều chỉnh;...

Bắc Ninh chưa thực hiện thu hồi đất đối với các dự án chậm sử dụng đất nhiều năm; chưa thu tiền bảo vệ đất trồng lúa đối với các dự án đấu giá đất; giá đất nông nghiệp, đất ở tại đô thị còn bất cập; đất nông nghiệp do UBND cấp xã quản lý, đất mặt nước chuyên dùng, đất xen kẹt chưa được quản lý chặt chẽ, còn nhiều tồn tại trong quản lý, sử dụng…;

Kết quả kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước cũng cho thấy Luật Đất đai và các văn bản pháp luật về quản lý đất đai còn bất cập, gây khó khăn trong quá trình tổ chức thực hiện tại các địa phương.

Cụ thể, vẫn chưa có hướng dẫn về việc quyết toán chi phí hạ tầng tính trong chi phí phát triển của phương án giá đất của các dự án; thời điểm xác định giá đất theo quy định của Luật Đất đai và các Nghị định hướng dẫn chưa quy định cụ thể thời điểm bắt đầu tiến hành công tác định giá đất và thời điểm bắt buộc phải ban hành quyết định phê duyệt giá đất khi giao đất, cho thuê đất, chuyển mục đích sử dụng đất dẫn đến chậm thu tiền sử dụng đất vào NSNN.

Bên cạnh đó, chưa quy định cụ thể về thẩm quyền và trình tự thực hiện việc điều chỉnh giá đất, tiền sử dụng đất theo các kết luận, kiến nghị của các cơ quan thanh tra, kiểm tra, kiểm toán; chưa có hướng dẫn bảo đảm thống nhất các trường hợp huỷ đấu giá khi nhà đầu tư không nộp tiền đúng phương án đấu giá giữa thực hiện Luật Đấu giá và Luật Đất đai.